เรื่องราวเริ่มจากองค์กรลับชื่อ Men in Black (MIB) ที่ทำหน้าที่ควบคุม ดูแล และปกปิดการมีอยู่ของเอเลี่ยนบนโลก โดยมี เอเจนต์เค (Tommy Lee Jones) เป็นหนึ่งในสมาชิกอาวุโส เขาได้คัดเลือกตำรวจหนุ่มฝีมือดี เจมส์ เอ็ดเวิร์ดส์ (Will Smith) เข้าร่วมองค์กร และมอบรหัสใหม่ว่า เอเจนต์เจ
ในขณะเดียวกัน เอเลี่ยนร่างปรสิตอันตรายที่เรียกว่า บั๊ก ได้มายังโลก มันยึดร่างชาวนาและออกตามหา “Galaxy” วัตถุล้ำค่าขนาดเล็กที่มีพลังมหาศาล ซึ่งซ่อนอยู่ในปลอกคอแมวของภรรยาเอเลี่ยนผู้ลี้ภัย
การตายของเอเลี่ยนผู้ลี้ภัยทำให้เกิดความตึงเครียดระหว่างเผ่าพันธุ์ Arquillians และโลก มนุษย์มีเวลาเพียงไม่กี่ชั่วโมงก่อนที่ยานรบขนาดยักษ์จะโจมตี
เจและเคร่วมกันไล่ล่า บั๊ก จนไปถึงยานหลบหนีในสนามเด็กเล่น เคเสียท่าถูกบั๊กกลืนลงท้อง แต่เจใช้ไหวพริบล่อให้มันกลืนตัวเองเข้าไป จากนั้นเคก็ยิงระเบิดจากภายในจนมันระเบิดเละ ก่อนที่ภารกิจจะเสร็จสิ้นและ Galaxy ถูกส่งคืนให้ชาว Arquillians
ท้ายที่สุด เคขอลบความทรงจำตัวเองเพื่อกลับไปใช้ชีวิตธรรมดา ขณะที่เจได้คู่หูคนใหม่คือ เอเจนต์เอล และองค์กร MIB ยังคงทำหน้าที่เงียบๆ เพื่อปกป้องโลกจากภัยนอกโลกต่อไป
