หนึ่งปีหลังเหตุการณ์ในซีซั่น 2 โลกเหมือนจะสงบลงเล็กน้อยเมื่อ The Boys อยู่ภายใต้การดูแลของรัฐบาล และฮอมแลนเดอร์ถูกบีบให้รักษาภาพลักษณ์ แต่ความจริงแล้วความขัดแย้งกลับรุนแรงยิ่งกว่าเดิม
บิลลี่ บัทเชอร์ ได้รับโอกาสใช้สาร Compound V24 ที่มอบพลังพิเศษให้ชั่วคราว 24 ชั่วโมง เขาจึงสามารถต่อกรกับเหล่าซูเปอร์ฮีโร่ได้ แต่ยิ่งใช้มากเท่าไร ผลข้างเคียงก็ยิ่งรุนแรงและทำให้เขากลายเป็นคนที่โหดเหี้ยมเกินควบคุม ขณะที่ ฮิวจี้ พยายามทำงานอย่างถูกต้องตามระบบ แต่กลับต้องตระหนักว่ากฎหมายไม่อาจจัดการกับเหล่าซูเปอร์ฮีโร่ได้
ในฝั่งของ The Seven ฮอมแลนเดอร์เริ่มเผยด้านที่บ้าคลั่งและก้าวร้าวขึ้นเรื่อย ๆ เขาสูญเสียการควบคุมภาพลักษณ์ในที่สาธารณะ แต่กลับได้รับความนิยมจากกลุ่มประชาชนที่ยึดถืออุดมการณ์สุดโต่ง สถานการณ์ทำให้เขาอันตรายกว่าที่เคยเป็นมา
ซีซันนี้ยังเผยอดีตของอเมริกา ผ่านการฟื้นชีพ โซลเยอร์บอย (Soldier Boy) ฮีโร่ระดับตำนานที่เคยถูกเชื่อว่าตายไปแล้ว เขากลับมาในฐานะอาวุธลับที่สามารถลบพลังของซูเปอร์ฮีโร่ได้ การมาของเขาไม่เพียงปั่นป่วน The Seven แต่ยังสะท้อนประวัติศาสตร์ที่ดำมืดของ Vought และการใช้ฮีโร่เป็นเครื่องมือทางการเมือง
ความสัมพันธ์ระหว่าง แอนนี่ (Starlight) และฮิวจี้ถูกทดสอบหนัก เมื่อเธอต้องอยู่ในทีม The Seven ที่เต็มไปด้วยอันตราย และต้องแสร้งเป็นคู่รักกับฮอมแลนเดอร์ต่อหน้าสื่อเพื่อความอยู่รอด ขณะที่ภายในใจกลับต้องการล้มล้างเขาให้สิ้นซาก
ตลอดทั้งซีซัน เรื่องราวเต็มไปด้วยการหักหลัง การเปิดโปง และการปะทะกันระหว่างอุดมการณ์ The Boys ใช้วิธีที่สิ้นหวังขึ้นเรื่อย ๆ ในการต่อกรกับ The Seven จนท้ายที่สุดการเผชิญหน้าระหว่างบัทเชอร์ ฮอมแลนเดอร์ และโซลเยอร์บอย กลายเป็นไคลแมกซ์ที่สั่นสะเทือนทั้งโลก
จบซีซัน ดูซีรีย์ฟรี โลกภายนอกยังคงเชิดชูฮอมแลนเดอร์ แม้เขาจะเผยธาตุแท้ที่โหดร้ายให้เห็นต่อหน้าผู้คน ขณะที่ The Boys แตกหักและเจ็บปวด แต่ก็ยังคงไม่หยุดที่จะต่อสู้กับอำนาจอันบิดเบี้ยว ปูทางสู่สงครามครั้งใหม่ที่รุนแรงยิ่งกว่าเดิม.
