หลังจากการเปิดโปงความจริงบางส่วนเกี่ยวกับองค์กร Vought และเหล่าซูเปอร์ฮีโร่ กลุ่ม The Boys ต้องหลบหนีการตามล่า ขณะที่ฮอมแลนเดอร์พยายามขยายอำนาจของตัวเองมากขึ้น และเริ่มเข้ามาเกี่ยวข้องกับไรอัน ลูกชายที่เกิดจากเบ็คก้า ภรรยาของบิลลี่ บัทเชอร์ การกลับมาพบกันของบัทเชอร์กับเบ็คก้าทำให้เขาต้องเผชิญความจริงอันโหดร้าย เพราะไรอันคือบุตรที่มีสายเลือดซูเปอร์ฮีโร่ครึ่งหนึ่งจากฮอมแลนเดอร์
ในขณะเดียวกัน ทีม The Seven ได้สมาชิกใหม่คือ Stormfront หญิงสาวผู้มีพลังไฟฟ้าและคารมคมคาย เธอใช้สื่อโซเชียลในการสร้างภาพลักษณ์ แต่เบื้องหลังกลับเป็นผู้มีอุดมการณ์เหยียดเชื้อชาติและมีอดีตเชื่อมโยงกับนาซี เธอกับฮอมแลนเดอร์กลายเป็นพันธมิตร และพยายามสร้างกระแสซูเปอร์ฮีโร่สายชาตินิยมสุดโต่งเพื่อควบคุมสังคม
แอนนี่ หรือ Starlight ต้องเผชิญแรงกดดันภายใน The Seven เธอเลือกที่จะช่วย The Boys โดยลอบส่งข้อมูลลับเกี่ยวกับ Vought ให้ฮิวจี้และพวกพ้อง ความสัมพันธ์ของทั้งคู่เต็มไปด้วยความลับและความเสี่ยง แต่ก็ยังคงเชื่อใจกันในที่สุด
การต่อสู้ทวีความรุนแรงเมื่อความลับของ Stormfront ถูกเปิดเผย ประชาชนเริ่มตระหนักถึงด้านมืดของ Vought และซูเปอร์ฮีโร่ ส่วนฮอมแลนเดอร์ที่เคยเชื่อว่าตนเองควบคุมทุกอย่างได้ ก็เริ่มเสียการควบคุมทั้งต่อสังคมและต่อคนใกล้ตัว
เรื่องราวในซีซั่นนี้จบลงด้วยการสูญเสียและการตัดสินใจที่ยากลำบาก เบ็คก้าต้องแลกชีวิตเพื่อปกป้องลูกชาย ปล่อยให้ไรอันอยู่ในการดูแลของบัทเชอร์และทีมงาน ขณะที่ฮอมแลนเดอร์ถูกสังคมจับตามองมากขึ้น แต่ก็ยังคงเป็นภัยเงียบที่พร้อมจะระเบิดได้ทุกเมื่อ — ทิ้งบทสรุปที่เต็มไปด้วยความมืดมน และปูทางไปสู่การต่อสู้ครั้งใหญ่ในอนาคต
